ılında çalışmaya başladığı Milliyet gazetesindeki işine Mayıs 2011’de son verildi. Ocak 2010’dan Mart 2011’e kadar Posta gazetesinde köşe yazarlığı yaptı. Yolsuzluk, terör finansmanlığı, Susurluk olayı, Hrant Dink suikastı, cemaat ve istihbarat konularında kitapları yayımlanmıştır.
3 Mart 2011’de Oda TV’ye yönelik Ergenekon soruşturması kapsamında gazeteci Ahmet Şık ile birlikte gözaltına alınan Şener, tutuklandıktan sonra Silivri Cezaevi’ne konuldu. Ergenekon terör örgütüne yardım ettiği gerekçesiyle yedi yıldan 15 yıla kadar hapis istemiyle yargılanmıştır.12 Mart 2012’de tahliye edilmiştir.
